Được thành lập tháng 3 năm 2009 khởi đầu với 13 đảng viên, đến nay sau 5 nhiệm kỳ với hơn 10 năm hoạt động, tổng số đảng viên tăng lên 34 đồng chí đang công tác tại các cơ sở của nhà trường. Việc tự nguyện xin được sinh hoạt Đảng chung của các giáo viên bộ môn, cán bộ và nhân viên đã cho thấy vai trò và trách nhiệm rất lớn của Chi bộ trong hoạt động nhà trường.

Công đoàn cơ sở trường Nguyễn Khuyến là công đoàn của trường ngoài công lập đầu tiên trong thành phố. Ban chấp hành Công đoàn cơ sở lâm thời chính thức được thành lập theo quyết định của Ban thường vụ Công đoàn giáo dục thành phố số: 14/2002/QĐCĐ, ký ngày